Tout comprendre du microbiote
Qu’est le microbiote intestinal.
Un microbiote est un ensemble de micro-organismes. Nous avons, dans notre organisme, différents microbiotes : la peau, la bouche, le vagin, les poumons,l’estomac et les intestins. C’est dans le grêle et le gros intestin que siège principalement le microbiote intestinal. Il est le plus dense de tous les microbiotes (on dit qu’il est le plus “peuplé”). Le microbiote intestinal abrite 50 000 mille milliards de bactéries, soit environ 300 espèces bactériennes, en moyenne, chez un individu sain.
Autant par son nombre que par sa fonction, le microbiote intestinal est la communauté de microbes la plus importante de notre organisme.
Par sa localisation dans l’intestin grêle et le gros intestin, qui font partie du tube digestif, le microbiote intestinal contribue à la digestion des aliments puis au passage des nutriments vers le sang et le reste de l'organisme. Les recherches actuelle confirment les liens entre la flore et la muqueuse intestinale, ainsi que les liens entre l’homéostasie intestinale et la santé. Sa qualité affecte donc considérablement notre état de santé.
Une relation à bénéfices mutuels.
Les micro-organismes qui constituent le microbiote commensal sont de bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes : “les symbiontes” (les pathogènes sont les “pathobiontes”). Leur présence est connue depuis plus d’un siècle. Rapidement, il a été supposé qu’il existait une relation symbiotique entre notre organisme et cette flore commensale, aussi appelée “microbiote résident”.
Par exemple, la symbiose s’opère via un processus co-évolutif d’interactions bénéfiques entre le microbiote et la barrière intestinale (mucus). Les bactéries vont utiliser les aliments que nous mangeons et les transformer en métabolites (ex acides gras à chaine courte). Quand ce système est en équilibre et sain on l’appelle l’écosystème “eubiotique”. Lorsqu’il y a déséquilibre on parle de “dysbiose”.
L'homéostasie intestinale est un ensemble de processus complexe impliquant l'intégrité de la barrière intestinale, l’équilibre avec la flore intestinale, et le système immunitaire.
La dysbiose est l’altération qualitative et/ou fonctionnelle du microbiote intestinal.
La “perméabilité intestinale” est l’altération de la muqueuse intestinale. Celle-ci ne remplie alors plus son rôle de barrière, de filtre. Il y a une interaction entre le microbiote et la barrière intestinale pour la bonne absorption des nutriments, et une bonne fonction immunitaire. La perméabilité intestinale participe à l’écologie intestinale.
Il est à noter que la pathologie de “l’intestin qui fuit”, le “leaky gut syndrome”, aussi appelée “instestins poreux” est en augmentation dans la population générale.
Faire avancer la science du microbiote.
Le “séquençage haut débit” permet d’établir le “métagénome intestinal”. Ce matériel génétique a donné un nouvel élan à la recherche, confirmant ce lien de mutualisme hôte/flore et flore/flore. Ces recherches (programme MetaHIT) ne sont pas exhaustives. Pourtant cette lecture des génomes renseigne de mieux en mieux sur la composition globale d’un microbiote ce qui permet de mieux connaître son rôle dans les fonctions digestives, métaboliques, immunitaires et neurologiques. Le séquençage a permis d’identifier selon french gut “600 000 gènes microbiens par individu”.
Le projet “French gut” (ou “microbiote français”), mené par l’INRAE, vise à établir une base de données concernant le microbiote intestinal des Français. Lancé le 4 septembre 2023, il est possible pour chacun d’y participer, via un don de selles. L’INRAE a pour objectif 100 000 participants en 2029. Cette base de données permettra aux chercheurs d’identifier des biomarqueurs, de tenter de définir ce qu’est un microbiote sain et de constituer des ressources importantes pour toutes les recherches sur les relations entre le microbiote et son hôte (l’humain).
Un individu, un microbiote intestinal.
S’il existe un socle commun de 15 à 20 espèces, chaque microbiote est unique en qualité et en quantité. Le microbiote d’un individu se constitue progressivement à partir de la naissance , d’abord par contact avec les flores vaginale et fécale de la mère lors de l’accouchement par voie basse, ou des micro-organismes de l’environnement lors de césarienne.
Cette colonisation bactérienne se déroule dans un ordre bien précis : d’abord les bactéries intestinales aérobies, qui consomment de l’oxygène pour proliférer ; les entérocoques ou les staphylocoques, en consommant l’oxygène présent dans l’intestin (elles favorisent par la suite l’implantation de bactéries qui ne prolifèrent qu’en l’absence de ce gaz ce sont les bactéries intestinales anaérobies) ; enfin, les Bacteroides, Clostridium, Bifidobacterium…
Les micro-organismes qui constituent le microbiote ont pour rôle de consommer, stocker et redistribuer l’énergie à partir du bol alimentaire. En dehors de cette capacité de digestion, les bactéries commensales sont nécessaires à la maturation du système immunitaire de leur hôte et ont un rôle important dans l’interaction avec nos organes, on parle d’axes : foie/microbiote, cerveau/microbiote, poumons/microbiote, démontrant l’importante influence du microbiote sur l’ensemble du métabolisme cellulaire.
Un microbiote intestinale sous influence.
La composition du microbiote intestinal se modifie constamment de la naissance à l’âge adulte, en qualité et en quantité.
Si la population intestinale se stabilise à l’âge adulte, elle reste sous l’influence de nombreux facteurs : alimentation, stress, fluctuation des hormones sexuelles, traitements médicamenteux et antibiotiques, environnement. Le microbiote intestinal est résilient face à des perturbations de court ou moyen terme. Toutefois, des changements significatifs, comme des antibiothérapies nombreuses, des traitements chroniques ou encore une alimentation délétère, peuvent induire une évolution progressive et définitive de la qualité et de la quantité de la flore. Des recherches récentes sur les perturbateurs endocriniens (pesticides, additifs ) ont démontré l’impact probable de ces derniers sur la composition et la fonction du microbiote.
Les fibres et les polyphénols, composants majeurs des végétaux, sont un substrat de choix pour notre microbiote.
L’alimentation riche en prébiotiques (fibres) et en polyphénols (couleur des aliments) de qualité et diversifiés sont la base d’un bon équilibre intestinal, car ils servent de substrat aux bactéries qui en les dégradant vont produire les métabolites utiles à notre métabolisme. Ils sont sous représentés en quantité mais surtout en qualité dans notre alimentation. Les sols appauvris, les modes de production ou de stockage influencent les qualités organoleptiques et nutritionnelles des aliments modifiant progressivement la composition du microbiote.
Les probiotiques, un soutien de choix.
Les probiotiques sont des bactéries vivantes, qui interagissent avec le microbiote. Ils peuvent avoir des propriétés bénéfiques variables. Les plus utilisés sont les lactobacilles et les bifidobactéries.
L'utilité de ces bactéries vivantes dépend à la fois de leur origine, de leur qualité, leur dosage et de leur capacité à survivre au milieu acide de l’estomac. Les probiotiques constituent un outil clinique précieux pour la santé gastro-intestinale, le fonctionnement du système immunitaire et l'équilibre métabolique en introduisant des espèces microbiennes bénéfiques et en restaurant potentiellement l'intégrité de la barrière intestinale (Akkermensia).
En résumé
Notre alimentation est au cœur des processus physiologiques. Choisir la diversité et la qualité des aliments, mâcher, respirer, bouger améliorent notre condition, qu’elle soit pathologique ou non.
L‘intestin et le microbiote intestinal sont les acteurs centraux dans le lien entre nutrition et maladies métaboliques.
Une barrière intestinale fonctionnelle, un microbiote équilibré unique et propre à chacun permet l’homéostasie intestinale.
De nombreuses recherches confirment le rôle bénéfique et symbiotique d’un microbiote constitué d’une grandes diversité de bactéries.
On sait qu’un substrat intestinal adéquat et le maintien d’une flore variée est l’assurance d’une meilleure résistance aux évènements endogènes et/ou exogènes.
L’écosystème intestinal est un système complexe qui repose sur un équilibre entre 3 acteurs principaux : la muqueuse intestinale, la flore intestinale et le système immunitaire intestinal.
